การจัดการศึกษาของมหาวิทยาลัยศิลปากรในระยะเริ่มต้น ประกอบด้วย คณะจิตรกรรม ประติมากรรมและภาพพิมพ์ คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์ คณะโบราณคดี และคณะมัณฑนศิลป์ โดยจัดการศึกษาที่มหาวิทยาลัยศิลปากร วังท่าพระ กรุงเทพมหานคร ต่อมาเมื่อมีสาขาวิชาที่หลากหลายเพิ่มขึ้น จึงมีการจัดตั้งวิทยาเขตพระราชวังสนามจันทร์ จังหวัดนครปฐม ในปี พ.ศ. ๒๕๐๙ และเปิดการเรียนการสอนในคณะอักษรศาสตร์ คณะศึกษาศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์

และคณะวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยีอุตสาหกรรม นอกจากนี้ได้มีการจัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัยเพื่อดูแลการจัดการศึกษาในระดับที่สูงกว่าปริญญาตรี มหาวิทยาลัยศิลปากรมีความเจริญก้าวหน้าในการจัดการศึกษามาตามลำดับ ครั้นในปี พ.ศ. ๒๕๔๐ รัฐบาลมีนโยบายขยายการจัดการศึกษาสู่ภูมิภาคเพิ่มขึ้น จึงเป็นโอกาสให้มหาวิทยาลัยได้จัดตั้งวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี จังหวัดเพชรบุรี พร้อมเปิดการเรียนการสอนใน คณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร คณะวิทยาการจัดการ คณะเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร และวิทยาลัยนานาชาติ โดยมีการจัดตั้งคณะดุริยางคศาสตร์ และจัดการเรียนการสอนที่สำนักงานอธิการบดี ตลิ่งชัน กรุงเทพมหานคร ซึ่งถือเป็นการจัดตั้งคณะวิชาที่ครอบคลุมด้านศิลปะทุกแขนง

ในปีการศึกษา พ.ศ. ๒๕๖๐ มหาวิทยาลัยศิลปากรได้ขยายพื้นที่จัดการศึกษาไปยังเมืองทองธานี โดยจัดตั้งเป็น City Campus เพื่อรองรับการพัฒนามหาวิทยาลัยที่มุ่งเน้นการพัฒนาองค์กรสู่สากล โดยให้ความสำคัญกับแนวโน้มและทิศทางการเปลี่ยนแปลง ปัจจัยแวดล้อมทางการศึกษา ความต้องการของสังคมและความคาดหวังของสาธารณะทั้งในระดับชาติและระดับนานาชาติ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการเข้าสู่ประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน และตอบสนองต่อยุทธศาสตร์อุดมศึกษาไทยในการเป็นประชาคมอาเซียน ตลอดจนเพื่อแก้ไขปัญหาพื้นที่จัดการศึกษาไม่เพียงพอของคณะวิชาซึ่งมีความแออัดในขณะนั้น โดยเฉพาะ ในวังท่าพระ และสำนักงานอธิการบดี ตลิ่งชัน ที่พัฒนาและขยายตัวได้ยาก ทั้งนี้ มหาวิทยาลัยศิลปากร City Campus จะรองรับการขยายตัวของคณะวิชาที่ประสงค์จัดการศึกษาในเขตตัวเมืองต่อไป

นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยศิลปากรยังมีหน่วยงานที่สนับสนุนการดำเนินงานของมหาวิทยาลัย เพื่อให้การจัดการศึกษาเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ โดยจัดตั้งหน่วยงานที่มีสถานะเทียบเท่าคณะวิชา ได้แก่ สำนักหอสมุดกลาง สำนักดิจิทัลเทคโนโลยี และสำนักศิลปวัฒนธรรมและการสร้างสรรค์แห่งมหาวิทยาลัยศิลปากร รวมทั้งสำนักงานอธิการบดี และสำนักงานสภามหาวิทยาลัยศิลปากร นอกจากนี้ยังมีการจัดตั้งหน่วยงานภารกิจเฉพาะ หรือหน่วยงานตามยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัยภายใต้สำนักงานอธิการบดี ได้แก่ ศูนย์กลางนวัตกรรมอาหารแห่งมหาวิทยาลัยศิลปากร ศูนย์บริหารจัดการวิชาศึกษาทั่วไปและพัฒนาการเรียนรู้ภาษาอังกฤษ สำนักตรวจสอบภายใน สำนักงานบริการวิชาการ สำนักงานบริหารการวิจัย นวัตกรรมและการสร้างสรรค์ ศูนย์อนุรักษ์ศิลปกรรมนานาชาติมหาวิทยาลัยศิลปากร ศูนย์นวัตกรรมการศึกษาแห่งมหาวิทยาลัยศิลปากร สำนักงานจัดการทรัพย์สินมหาวิทยาลัยศิลปากร ศูนย์กิจการต่างประเทศมหาวิทยาลัยศิลปากร สถาบันการเรียนรู้ตลอดชีวิตแห่งมหาวิทยาลัยศิลปากร ศูนย์บริหารจัดการข้อมูลทรัพยากร มหาวิทยาลัยศิลปากร โรงเรียนเตรียมการโรงแรมและการท่องเที่ยว ไทย – ฝรั่งเศส การดำเนินงานของหน่วยงานต่าง ๆ ยึดหลักปรัชญาของมหาวิทยาลัยที่ว่า “ศิลป์และศาสตร์สร้างสรรค์ชาติยั่งยืน” ภายใต้ปณิธาน “สร้างสรรค์ศิลปะวิทยาการ และภูมิปัญญาเพื่อสังคม” เพื่อมุ่งไปสู่วิสัยทัศน์ “มหาวิทยาลัยชั้นนำแห่งการสร้างสรรค์ระดับสากล บูรณาการศาสตร์และศิลป์เพื่อสังคมที่ยั่งยืน” ภายใต้ภารกิจในการผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพควบคู่คุณธรรม ให้เป็นพลเมืองที่ดี มีความรับผิดชอบต่อตนเอง ต่อวิชาชีพ เพื่อรับใช้สังคมและประเทศชาติตลอดจนทำหน้าที่การวิจัย การให้บริการวิชาการและการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม

สัญลักษณ์ของมหาวิทยาลัยศิลปากร คือ พระพิฆเนศวร ซึ่งเป็นเทพเจ้าแห่งความสำเร็จ ทั้งยังเป็นเทพแห่งศิลปวิทยาการและการประพันธ์ พระหัตถ์ขวาบนถือตรีศูล พระหัตถ์ขวาล่างถืองาช้าง พระหัตถ์ซ้ายบนถือปาศะ (เชือก) พระหัตถ์ซ้ายล่างถือครอบน้ำ ประทับบนบัลลังก์เมฆที่เขียนด้วยลายกนก
ภายใต้มีอักษรว่า “มหาวิทยาลัยศิลปากร” โดยประกาศใช้เมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2494 และเมื่อมหาวิท ยาลัยปรับเปลี่ยนสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ มหาวิทยาลัยได้มีประกาศใช้ตราสัญลักษณ์ ใหม่แทนตราสัญลักษณ์ครุฑเพื่อใช้ในหนังสือราชการ หนังสือประทับตรา บันทึกข้อความ คำสั่งและประกาศ ต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัย โดยประกาศใช้เมื่อวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2559