ในปี พ.ศ. 2540 มหาวิทยาลัยศิลปากรมีนโยบายในการขยายโอกาสทางการศึกษาไปยังจังหวัดใกล้เคียงกับที่ตั้งมหาวิทยาลัยเดิม (วังท่าพระ กรุงเทพมหานคร และพระราชวังสนามจันทร์ นครปฐม) ผู้บริหารในขณะนั้นนำโดย ศาสตราจารย์เกียรติคุณ คุณหญิงไขศรี ศรีอรุณ จึงพิจารณาหาพื้นที่ตั้งวิทยาเขตใหม่ ได้แก่ จังหวัดสมุทรสาคร อำเภอนครชัยศรี จังหวัดราชบุรี และ จังหวัดเพชรบุรี จนในที่สุดเหลือเฉพาะที่ราชบุรีและเพชรบุรี ซึ่งได้รับอนุมัติจากคณะรัฐมนตรีให้จัดตั้งวิทยาเขตใหม่ที่ราชบุรี และมีแนวทางจัดตั้งคณะวิชาต่างๆ รวมทั้งคณะอุตสาหกรรมเกษตร ซึ่งต่อมามหาวิทยาลัยได้จัดสัมมนาผู้เกี่ยวข้องทั้งของจังหวัดราชบุรีและของมหาวิทยาลัยเพื่อทราบความต้องการของท้องถิ่นแต่ผลความต้องการของบุคลากรในพื้นที่ไม่ตรงกับแผนพัฒนาเดิมที่ทบวงมหาวิทยาลัยได้อนุมัติไว้ โครงการดังกล่าวจึงชะลอไป จนในที่สุดปี 2542

ศาสตราจารย์ ดร.ตรึงใจ บูรณสมภพ อธิการบดีในขณะนั้น จึงขออนุมัติจากคณะรัฐมนตรีในการย้ายวิทยาเขตใหม่ไปที่ หมู่ที่ 1 หมู่บ้านไร่ใหม่พัฒนา ต. สามพระยา อ. ชะอำ จ. เพชรบุรี และมีแผนในการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตรขึ้นเป็นคณะแรก เนื่องจากพิจารณาเห็นว่าพื้นที่โดยรอบมีประชากรที่ประกอบอาชีพเกษตรกรรมเป็นหลัก มหาวิทยาลัยจะได้ให้บริการได้โดยตรง จากการประชุมสภามหาวิทยาลัยศิลปากร ครั้งที่ 1/2544 เมื่อวันที่ 10 มกราคม 2544 ได้อนุมัติโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร พร้อมทั้งให้ความเห็นชอบในการแต่งตั้ง ดร.สุภสร ชโยวรรณ เป็นผู้อำนวยการโครงการจัดตั้ง คณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร

เมื่อสภามหาวิทยาลัยอนุมัติให้จัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตรตามที่คณะกรรมการเสนอ ต่อมาคณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรมได้ทักท้วงว่าชื่อ “อุตสาหกรรมการเกษตร” ของโครงการฯ จะซ้ำซ้อนกับการสอนของภาควิชาเทคโนโลยีอาหาร คณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรม ซึ่งสภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 2/2544 เมื่อวันที่ 7 มีนาคม 2544 จึงได้อนุมัติให้เปลี่ยนชื่อจากโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร เป็น “โครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร” และอนุมัติหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (สัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร)

ต่อมาเมื่ออาจารย์พุฒ วีระประเสริฐ ได้เข้าดำรงตำแหน่งอธิการบดี และได้มอบหมายให้รองอธิการบดีฝ่ายวางแผนและพัฒนา (อาจารย์ชัยชาญ ถาวรเวช) เป็นผู้รับผิดชอบการประสานงานกับกรมธนารักษ์ เพื่อขอพื้นที่ 200 ไร่ จนกระทั่งได้รับอนุญาตให้ใช้พื้นที่ 200 ไร่ เมื่อวันที่ 13 สิงหาคม 2546 ซึ่งบริเวณที่ตั้งอยู่ทางด้านทิศใต้ ห่างจากพื้นที่ทั้งวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี ประมาณ 3 กิโลเมตร ทางวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีและคณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร ได้เล็งเห็นพื้นที่ดังกล่าวเหมาะสมในการจัดทำเป็นฟาร์มฝึกงานเลี้ยงสัตว์ เพื่อใช้ในการฝึกทดลองเลี้ยงสัตว์ และแปลงเกษตรของนักศึกษา การทำงานวิจัยและเป็นแหล่งจัดสัมมนาให้บริการทางวิชาการทางด้านการเกษตรแก่ชุมชน

ดังนั้นคณะสัตวศาสตร์ฯ จึงได้ตั้งงบประมาณเพื่อการก่อสร้างฟาร์มปฏิบัติการตั้งแต่ปี 2548 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน และเมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน 2550 ได้มีประกาศมหาวิทยาลัย เรื่องการจัดตั้งและแบ่งหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัย (ฉบับที่ 8) พ.ศ. 2550 โดยมีการจัดตั้งหน่วยงานในกำกับคณะสัตวศาสตร์ฯ ดังนี้

สาขาวิชาสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร
สาขาวิชาเทคโนโลยีการผลิตสัตว์น้ำ
สาขาวิชาเทคโนโลยีการผลิตพืช
สำนักงานเลขานุการคณะเป็นหน่วยงานหลัก ประกอบด้วย 1. งานบริหารและธุรการ 2. งานบริการการศึกษา 3. งานพัฒนาองค์กร 4. งานสนับสนุนด้านปฏิบัติการ

ในวันที่ 1 มิถุนายน 2552 อธิการบดี อาจารย์ ดร.อุทัย ดุลยเกษม ได้แสดงถึงนโยบายแนวทางการบริหารจัดการของมหาวิทยาลัยศิลปากร วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี โดยให้วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีมีการจัดการแบบรวมศูนย์ ซึ่งมีสำนักงานวิทยาเขตเป็นหน่วยงานสนับสนุนแก่คณะวิชา และมีหน้าที่ปฏิบัติงานการแทนสำนักงานเลขานุการคณะ ซึ่งสำนักงานวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีต้องเข้าใจและต้องดำเนินการสนับสนุนให้ภารกิจของคณะวิชาลุล่วงเป็นไปตามพันธกิจ และยุทธศาสตร์ของคณะวิชาภายในวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี เพื่อให้การดำเนินการของแต่ละคณะวิชาเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและสอดคล้องกับการบริหารจัดการตามนโยบายมหาวิทยาลัยศิลปากร ด้วยนโยบายดังกล่าวทางคณะสัตวศาสตร์ฯ จึงขอแบ่งส่วนราชการภายในเพื่อให้เกิดความเหมาะสมในการใช้ทรัพยากรร่วมกันอย่างคุ้มค่า โดยการบริหารองค์กรรวมศูนย์ ซึ่งเป็นไปตามนโยบายหลักในการบริหารจัดการหลักภายในวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีแห่งนี้

ต่อมา ปี 2562 มหาวิทยาลัยศิลปากรได้ประกาศแบ่งหน่วยงานภายในของคณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตรเป็น 2 หน่วยงาน ดังนี้ สำนักงานคณบดี ประกอบด้วยหน่วยงานย่อย 2 งาน ได้แก่ (1) งานบริหารทั่วไป (2) งานกิจกรรมพิเศษ ศูนย์ฝึกอบรมและถ่ายทอดเทคโนโลยีการเกษตร ซึ่งเป็นหน่วยงานที่มีภารกิจเฉพาะหรือตามยุทธศาสตร์คณะ

ประวัติด้านการจัดการหลักสูตร
พ.ศ. 2544 เปิดรับนักศึกษารุ่นแรกของคณะฯ สาขาวิชาสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร ในปีการศึกษา 2544
พ.ศ. 2549 หลักสูตรในระดับปริญญาบัณฑิต จำนวน 2 หลักสูตร ได้รับการอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยให้เริ่มเปิดสอน
หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีการผลิตสัตว์น้ำ หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีการผลิตพืช

พ.ศ. 2553 หลักสูตรในระดับบัณฑิตศึกษา 1 หลักสูตร ได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยให้เริ่มเปิดสอน หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาสัตวศาสตร์

พ.ศ. 2557 หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาธุรกิจการเกษตร ได้รับการอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยให้เริ่มเปิดสอน

พ.ศ. 2558 หลักสูตรในระดับบัณฑิตศึกษามีทั้งโทและเอก 2 หลักสูตร ได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยให้เริ่มเปิดสอน หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาชีววิทยาศาสตร์เพื่อเกษตรกรรมที่ยั่งยืน หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาชีววิทยาศาสตร์เพื่อเกษตรกรรมที่ยั่งยืน

พ.ศ. 2563 หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาภาวะผู้นำและการสื่อสารทางการเกษตร ได้รับการอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยให้เริ่มเปิดสอน