ในระยะแรกเริ่มของการก่อตั้ง คณะโบราณคดีเกิดขึ้นด้วยเจตนารมณ์หลักเพื่อสร้างบุคลากรที่เชี่ยวชาญ ตอบสนองความต้องการของชาติ มุ่งผลิตบัณฑิตและนักโบราณคดีเข้ารับราชการที่กองโบราณคดี กรมศิลปากร ตลอดจนผลิตคณาจารย์และเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงานด้านโบราณคดีและมรดกวัฒนธรรม

การจัดตั้งคณะโบราณคดีมีความสำคัญยิ่ง เนื่องจากประเทศไทยมีโบราณสถานและโบราณวัตถุจำนวนมาก เป็นประจักษ์พยานแห่งประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมอันยาวนานของชาติ มรดกวัฒนธรรมเหล่านี้ไม่เพียงแต่เป็นเครื่องยึดโยงจิตใจและปลูกฝังความภาคภูมิใจให้แก่คนในชาติ แต่ยังเป็นเครื่องเตือนใจให้ mุ่งมั่นธำรงรักษาเอกราชของชาติให้สืบไป

ลำดับเหตุการณ์สำคัญ
พ.ศ. 2496
• มหาวิทยาลัยศิลปากรวางรากฐานการศึกษาโบราณคดี จัดตั้ง "แผนกเตรียมคณะโบราณคดี" ขึ้นเป็นส่วนหนึ่งของโรงเรียนศิลปศึกษา (เตรียมมหาวิทยาลัยศิลปากร) หลักสูตรในขณะนั้นมีระยะเวลา 3 ปี มีคณาจารย์ผู้ทรงคุณวุฒิคือศาสตราจารย์ชิน อยู่ดี อาจารย์เขียน ยิ้มศิริ อาจารย์จิรา จงกล และศาสตราจารย์ หม่อมเจ้าสุภัทรดิศ ดิศกุล

พ.ศ. 2498
• มหาวิทยาลัยศิลปากรได้ยกสถานะแผนกเตรียมฯ ขึ้นเป็น "คณะโบราณคดี" เป็นคณะวิชาลำดับที่ 3 ของมหาวิทยาลัย โดยมี หลวงบริบาลบุรีภัณฑ์ เป็นคณบดีคนแรก คณาจารย์ผู้สอนประกอบด้วยข้าราชการจากกรมศิลปากร อาจารย์พิเศษจากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย คณะต่างๆ ในมหาวิทยาลัยศิลปากร และกระทรวงศึกษาธิการ โดยใช้โรงเรียนศิลปศึกษาและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติเป็นสถานที่จัดการเรียนการสอน

พ.ศ. 2503
• คณะโบราณคดีย้ายที่ทำการมายังบริเวณเดียวกับมหาวิทยาลัยศิลปากร วังท่าพระ และย้ายเข้าสู่ "ตำหนักพรรณราย" (ปัจจุบันคือหอศิลป์ มหาวิทยาลัยศิลปากร) พ.ศ. 2507 พร้อมทั้งการปรับปรุงหลักสูตรระดับปริญญาตรีให้สอดคล้องกับความต้องการของสังคมที่เปลี่ยนแปลงไป ใน พ.ศ. 2517

พ.ศ. 2520
• นับเป็นปีแห่งประวัติศาสตร์ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงเข้าศึกษาต่อในระดับบัณฑิตศึกษา สาขาวิชาจารึกภาษาตะวันออก ดำเนินการสอนโดยภาควิชาภาษาตะวันออก คณะโบราณคดี ทรงสำเร็จการศึกษาในปีการศึกษา 2521

พ.ศ. 2521
• คณะโบราณคดีย้ายที่ทำการมายังอาคารที่ตั้งปัจจุบัน เป็นศูนย์กลางการศึกษาด้านโบราณคดีและศาสตร์ที่เกี่ยวข้อง

คณาจารย์ของคณะโบราณคดีปฏิบัติงานวิจัยในทุกสาขาวิชาที่เปิดสอน มีโครงการวิจัยร่วมกับผู้เชี่ยวชาญชาวต่างประเทศ มีการให้บริการวิชาการแก่สังคมเพื่อเผยแพร่ความรู้ อนุรักษ์ศิลปวัฒนธรรมโบราณสถานของชาติในรูปแบบการจัดการเสวนา การอบรม บรรยาย จัดนิทรรศการต่าง ๆ ที่เกี่ยวกับสาขาวิชาที่เปิดสอน และจัดทัศนศึกษาทางศิลปวัฒนธรรมให้แก่บุคคลทั่วไป นอกจากนี้ยังจัดตั้งหน่วยงานเพื่อบริการวิชาการในสาขาที่เชี่ยวชาญได้แก่ศูนย์สันสกฤตศึกษา ศูนย์วิจัยและบริการวิชาการมรดกวัฒนธรรมโบราณคดี และศูนย์สุวรรณภูมิศึกษา