คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2528
นับเป็นคณะเภสัชศาสตร์ลำดับที่ 6 ของประเทศไทย ตั้งอยู่บริเวณพระราชวังสนามจันทร์ อ.เมือง จ.นครปฐม โดยมี “เภสัชกร รองศาสตราจารย์ ดร.ประโชติ เปล่งวิทยา” ดำรงตำแหน่งคณบดีนับเป็นคณบดีผู้ประศาสน์การ ผู้ก่อตั้งคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร

โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อสนองต่อความต้องการในการพัฒนาศักยภาพกำลังคนในสายงานเภสัชกรรมและสายงานด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพ รวมถึงการพัฒนาให้เกิดภารกิจเชิงรุกในการให้บริการด้านเภสัชศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์มีการจัดการเรียนการสอนทั้งในระดับปริญญาบัณฑิต ปริญญามหาบัณฑิต และปริญญาดุษฎีบัณฑิต รวมทั้งมีพันธกิจด้านการวิจัย บริการวิชาการ และความร่วมมือกับต่างประเทศ สร้างบุคลากรทางสุขภาพผ่านการจัดการศึกษา ผลงานวิจัยและนวัตกรรม และการมีส่วนร่วมของชุมชนโดยอาศัยเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการและวิชาชีพทั้งในระดับประเทศและระดับนานาชาติ มีศูนย์ธุรกรรม ได้แก่ ศูนย์ภูมิปัญญาทางเภสัชศาสตร์ “ประโชติ เปล่งวิทยา” ศูนย์การเรียนรู้ด้านสุขภาพศิลปากร และศูนย์บริการสุขภาพ รองรับพันธกิจเพื่อยกระดับการดูแลสุขภาพของประชาชนและพัฒนาระบบสุขภาพของประเทศ